大多為柯薩奇病毒所引起，A組2、4、6、9、16、22型皆可引起此病，B組1～5型也可致病，但較少見。此外，埃可病毒3、6、9、16、17、25型和腸道病毒70型也可引起本病。

皰疹性咽頰炎患者及隱性感染者是本病的主要傳染源。可直接經由腸道、呼吸道傳播，也可間接經污染的手、食品、衣服、用具等傳播。

各年齡段人群均可受到感染，但以1～7歲多發。因嬰幼兒呼吸道屏障功能不足，呼吸道黏膜柔嫩，呼吸道分泌抵抗細菌、病毒的免疫物質不足，呼吸道“自潔”功能差，故易發病。

潛伏期為2～4天。常急劇發熱，熱多為低度或中等度，偶見高達40℃以上，甚至引起驚厥。熱程大都2～4天。年齡較大的患兒可訴咽痛，咽痛重者可影響吞咽。嬰幼兒則表現為流涎、拒食、煩躁不安。有時伴頭痛、腹痛或肌痛，5歲以下小兒有1/4可伴發嘔吐。

典型癥狀出現在咽部。表現為咽部充血，起病2日內口腔黏膜出現數個(少則1～2個，多達10余個)小的(直徑1～2mm)灰白色皰疹，周圍繞以紅暈。2～3日后紅暈加劇擴大，皰疹破潰形成黃色潰瘍。此種黏膜疹多見于扁桃體前柱，也可位于軟腭，懸雍垂，扁桃體上，但不累及齒齦及頰黏膜。

病程一般為4～6天，偶有延至2周者。部分手足口病患兒以皰疹性咽峽炎為首發癥狀，隨后可在手掌、足底、臀部等部位出現紅色皮疹。

1.皰疹性口腔炎，其特點為任何季節均可發病，呈現更大的，持續更久的潰瘍。

2.復發性口瘡和貝氏(Bednar)口瘡很少發生于咽部，而且一般無全身癥狀。

3.柯薩奇A組10型病毒也會引起類似病變(淋巴結性咽炎)，但口咽部損害突出，呈現白色到黃色小結，治療為對癥處理。

皰疹性咽峽炎傳染性較強，應注意隔離治療，患兒用過的餐具、玩具等進行消毒處理，防止交叉感染。患病期間注意休息，多飲溫開水，多吃新鮮蔬菜及營養豐富易消化的食物，以增強身體抵抗力。忌食刺激性食物，不吃過熱、過冷的食品。

目前對腸道病毒感染尚無特效療法，主要是對癥治療。注意口腔衛生，保持口腔清潔。可用淡鹽水漱口，用10%硝酸銀涂于潰瘍處或用咽喉靈丹，冰硼散等吹播咽部以減輕咽痛癥狀。口服維生素C及B等。

對于輕、中度發熱，以物理降溫為主。體溫超過38.5℃時，可給予布洛芬等退熱藥。有高熱驚厥及嚴重肌痛者，可適當給予鎮靜劑和止痛劑。

抗病毒治療可選用利巴韋林、更昔洛韋、干擾素等。抗生素對病毒性咽峽炎無效，但如考慮合并有細菌感染，可酌情使用抗生素。

中藥治療對此病有一定效果，常用解毒利咽、化濕退熱的治法，分內服及外用兩類，應根據病情選擇用藥。

氦氖激光照射咽喉部雙扁桃體穴及合谷穴各3分鐘，可起到一定的治療效果。

雖然同屬于腸道病毒感染，發病和傳播途徑都相似，但手足口病有典型的散發在手掌、足底和肛周的粟粒樣斑丘疹。